На другой стороне Петропавловской – большое двухэтажное здание, одним своим крылом идущее вдоль Петропавловской, а другим – вдоль Сибирской улицы. Сейчас здесь размещается медицинский университет им. академика Е.А. Вагнера. Когда-то на этом месте стояло «прекрасное здание, бывшее украшением города», построенное в 1797 году по инициативе Карла Модераха специально для «Главного народного училища», которое в 1808 году было преобразовано в Пермскую мужскую гимназию. Д.Д. Смышляев так писал в одной из своих книг об этом здании: «Угол гимназического здания был закруглен и представлял самую высокую часть постройки, возвышаясь над крышею боковых крыльев в виде круглой башни с куполом, завершавшимся фонарем с окнами. В верхнем этаже этой части здания помещался грандиозный актовый зал, в два света, с куполом и с хорами кругом». 

В сентябре 1842 года это здание было уничтожено пожаром. В 1851 году был построен новый главный учебный корпус гимназии (тот, что выходит на Сибирскую улицу). Второй корпус (что стоит вдоль Петропавловской улицы) был построен спустя десять лет – в 1862 году. В этом корпусе размещалась домовая Благовещенская церковь и общежитие для гимназистов. В 1896 году оба эти здания были соединены между собой ещё одним, в котором разместилась квартира директора гимназии, канцелярия, библиотека и архив. Таким образом к концу XIX века весь комплекс зданий приобрёл тот вид, что мы видим и сегодня.

В 1871 году гимназия стала классической и стала называться «Александровской» в честь императора Александра I. К изучаемым предметам добавились греческий и латинский языки, в гимназии создали подготовительные классы, ввели классных наставников.

Ежегодно в гимназии обучалось до ста и более учеников. Часть гимназистов по своему происхождению били дворянскими детьми. Однако больше половины учащихся были детьми пермских чиновников – далеко не самой обеспеченной части пермского общества. Поступали в гимназию также дети мещан и сельских жителей. Таким образом, среди гимназистов было немало детей из небогатых, а то и малоимущих семей. Администрация изыскивала разные способы оказания помощи таким ученикам. В 1848 году было утверждено «Положение об облегчении чиновникам Пермской губернии способов к воспитанию детей их», в соответствии с которым двадцать гимназистов из чиновничьих семей находились на казённом содержании. Кроме того, этим Положением учреждались четыре ежегодные стипендии для обучения наиболее способных выпускников гимназии в Казанском университете. «Казённые воспитанники» после окончания гимназии определялись на службу в губернские учреждения. Кроме этого, для оказания материальной помощи малоимущим гимназистам в 1862 году по инициативе директора гимназии И.Ф. Грацинского было создано благотворительное общество под названием «Братство святого Стефана Великопермского». За счёт благотворительных взносов членов Братства таким учащимся оказывалась помощь с оплатой за обучение, приобретались одежда, обувь, учебники и другие необходимые вещи.

За 110 лет существования гимназии в ней получили образование сотни молодых людей. Её воспитанники становились служащими различных учреждений, учителями, врачами, писателями, общественными деятелями, учеными. Среди замечательных людей, окончивших Пермскую мужскую гимназию, были летописцы Перми А. А. Дмитриев и Д. Д. Смышляев, архитектор И. И. Свиязев, театральный деятель С.П. Дягилев, крупный промышленник И.Г. Каменский, писатель М.А. Осоргин, писатель и философ С.А. Ильин, профессор Петербургского университета И.Н. Березин, ректор Томского университета В.В. Сапожников и многие другие.

Пермская мужская гимназия на ул. Сибирской, 1897–1902 гг.

В 1919 году пермская мужская гимназия была преобразована в рабфак. В 1932 году в здании бывшей гимназии расположился главный корпус медицинского института, который под названием Пермский государственный медицинский университет им. академика Е.А. Вагнера находится здесь и поныне.